三维扫描解决方案

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Artec Space Spider协助测量气候变化对鸟类体形的变化

挑战:澳大利亚研究员始终致力于研究不同的鸟类,以测量在过去100年间,它们为应对全球变暖而出现的体形变化。研究员们需要一种快速、精准又简便的方式来记录博物馆收藏的86种鸟类、上千个鸟喙的精确尺寸。

解决方案Artec Space Spider, Artec Studio

效果:使用手持式三维扫描仪Artec Space Spider,每只鸟都能在短短两分钟内完成亚毫米级的彩色3D捕获。这样,只需去一次博物馆就能完成30-50只鸟的扫描。每只鸟的扫描处理也只需要6分钟不到。最终完成的扫描数据表明,在过去一个世纪,鸟喙大约变大了4%-10%。

Shape shifting birds

博士生Sara Ryding用Artec Space Spider扫描澳洲粉红凤头鹦鹉(Eolophus roseicapilla)(供图:Sara Ryding)

全球变暖的严重影响已经持续了几十年:全球不少鸟类都在应对温度上升的过程中出现了体形变化,包括喙、腿和其他部位,这表明它们和环境不断斗争,只为生存。

这种变化是如何帮助它们应对气温升高的,目前只能用鲜有人知的“艾伦法则”来解释。19世纪,这条生物进化规则表明,温暖气候下的动物通常有更大的器官,如耳、喙、尾、四肢。

由于许多器官没有被毛皮或羽毛覆盖,所以这些结构本身起到了热辐射器的作用,来散发热量,让身体降温至舒适温度。

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火烈鸟的红外图显示它们通过喙和腿来散热(供图:Glenn Tattersall)

非洲象利用耳部散热,老鼠通过尾巴,而鸟类则通过喙和腿。

鸟类体温调节原理

如果我们进一步探究鸟类天生的体温调节功能,就会发现大自然是如此鬼斧神工,这种散热模式十分高效。首先,是鸟类身体最有效的调温器——喙。如果不仔细观察,你会以为鸟喙是由类似树皮一样的惰性材料构成的。

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来自南非卡拉哈里沙漠的雌性南方黄嘴犀鸟(Tockus leucomelas)喙部含有大量血管(供图:T. van de Ven, UCT)

其实,喙部也是活生生的器官,含有大量血管,有丰富的血管分支。举个形象的例子,鸟类身体需要在睡眠时降温,这时,它们会向喙部传输更多血液,将身体多余的热量排出,使核心温度降到有助于睡眠的水平。

显然,对体形相当的鸟类而言,喙部更大,散热就更高效。

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正在散热的大西海海雀(Fratercula arctica)(供图:Glenn Tattersall)

大致来说,为应对快速上升的温度,一代代动物都需要根据身体比例增大部分器官的体积。但由于这种改变会造成身体对称性的变化,从而造成体形改变。

鸟类体形变化的那些事

通常,鸟类的体形变化十分微小,必须通过测量过去几十年的标本来判断,这些标本几乎都收藏于博物馆,只有通过这种方式,才能对发生的体形变化做好量化工作。

过去的研究集中在某种或几种特定鸟类上的进化过程。尽管现在的研究同样揭示了鸟类这一快速变化的趋势,但这次的研究覆盖了86种鸟类,共计6000只鸟。

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Artec Space Spider扫描的澳大利亚壮丽细尾鹩莺(Malurus cyaneus)(供图:Sara Ryding)

这项研究由澳大利亚墨尔本迪肯大学博士生Sara Ryding负责,她和同事们一起,专门从事澳大利亚鸟类研究。

为了测量鸟类标本时尽可能提高精度,Ryding的导师Matthew Symonds博士,决定采用三维扫描技术

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研究员Sara Ryding握着一只澳洲鸢(Elanus axillaris)(供图:Sara Ryding)

Symonds了解了市面所有符合要求的三维扫描仪后,联系了当地的埃太科合作商Objective3D

公司专家为他推荐了Artec Space Spider,这是一款计量级精度的手持式三维扫描仪,受到许多研究人员和专家的青睐,适合处理对精度和分辨率要求极高的任务。

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Artec Space Spider

对比鸟类体形变化的传统方式就是使用数字卡尺来计算喙部的长、宽、深度。随后,将这些数值套入一个公式,计算同体积圆锥体的表面积。

Space Spider完整捕获3D外形数据

Ryding提到,鸟喙有各种各样的复杂外形,“如果把喙部简化为一个圆锥,势必会丢失几何数据,无法记录下重要的解剖表面数据。”

她补充道:“我们关注很多不同种类,从鸭子、夜莺到猛禽……只有在研究范围扩大后,才能看到这些不同的喙部形状。因此,我认为三维扫描技术更适合这样的研究,因为我们可以完整采集自然形态的全部数据,不会有任何遗失。”

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准备用数字卡尺来测量澳洲纹翅食蜜鸟喙部(供图:Sara Ryding)

手动测量的另一个问题就是操作误差。在测量鸟类体形时,由于卡尺位置不同,哪怕是多位经验丰富、全神贯注的研究员,都会出现测量差异,从而对数据结果带来极大影响。

数秒钟成就高精测量

Ryding表示:“有了Artec Space Spider,我们可以将操作员的误差降到最低,即便是由不同人员操作,每份扫描几乎都是一样的。这才是研究员希望看到的结果。数据集精度越高,相关性就体现得更清晰,这也有助于我们得出可靠的结论。”

目前为止,Symond的研究已经显示,在过去一个世纪,鸟类喙部的体积已经增加了约4%-10%。

就扫描效率来看,尽管新冠疫情封控政策导致无法多次前往博物馆,但她还是在几个月内,扫描了3000多只鸟。她的终极目标是6000只。

扫描当天,Ryding都会有一到两个明确目标。在馆长的帮助下,她找到这些鸟类的具体位置,并根据标本收集的年份和地点来挑选部分进行扫描。

基本一个下午,她可以扫40-50只小鸟,或30-40只大鸟。

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Artec Studio 截图: Artec Space Spider扫描的澳洲粉红凤头鹦鹉,未加纹理(供图:Sara Ryding)

Ryding的扫描工作流程十分简单:把鸟放在旋转台上,面朝上,仰面躺好。然后,缓慢转动旋转台的同时,用Space Spider扫描,一次性采集喙部所有解剖结构。这一过程大约持续2分钟,最后的扫描数据用途十分广泛。

秒杀手动测量的3D数据效果

用Ryding的话说;“每份扫描提供的表面数据足够我进行各种分析了,甚至还有可能用于今后其他研究,例如几何形态测量。想到过去的传统操作方法,就会发现,数字卡尺是绝无可能捕捉到这么详细的表面数据的。

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Artec Studio 截图: Artec Space Spider扫描的澳洲粉红凤头鹦鹉,带纹理(供图:Sara Ryding)

随后,Ryding会在家或学校里用Artec Studio软件处理扫描。总的来看,整个处理流程每只鸟大约需要6分钟。

对此,她进行了细致描述:“扫描处理流程如下:先进行整体配准,然后移除异常值,进行尖锐融合,可清晰保留所有微小的细节。随后,应用纹理,即可清晰看出羽毛的根部和喙部开始的位置。随后,删除多余数据,只剩喙部。”

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在Artec Studio中分离澳洲粉红凤头鹦鹉喙部以便测量(供图:Sara Ryding)

随后,使用Artec Studio中的测量工具,为喙部快速完成线性测量,并和数字卡尺的结果进行对比。

她继续介绍后续步骤:“然后,我会进行一项卡尺无法完成的操作,也就是测量表面积,那么我得到的就是整个喙部的面积,而不是线条长度。”

Space Spider可以采集到喙部的微小平面和弧度,使表面积测算十分精准,可达毫米级以下。”

Ryding继续说道:“我会直接使用这些测量数据,但如果我需要进行几何或形态分析,那我或其他研究员也可以利用这些Space Spider的扫描数据,我只需把扫描以PLY文件导出,即可用于不同应用场景,完成不同任务。”

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Artec Space Spider捕获的黄翅澳吸蜜鸟(Phylidonyris novaehollandiae)(供图:Sara Ryding)

至于如何将这项研究的范围扩大至其他国家,Ryding希望能有更多研究人员搜集数据,让大家看到不同区域、大洲甚至半球的各种鸟类(或其他动物)体形变化的量化数据和对比分析。

三维扫描技术在生物研究领域发挥关键作用

在她看来,三维扫描是实现研究目标的必备工具:“如果我们想简化研究过程,让不同研究员可以直接对比,那么数据的精准度十分重要。手动测量法是不现实的。”

Ryding补充道:“有了Space Spider,每只鸟的扫描时间只需几分钟,我们可以采集亚毫米级的表面数据和逼真纹理细节,甚至今后的工作需要都能满足。”

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Artec Space Spider扫描的澳洲绿鹂(Oriolus flavocinctus)(供图:Sara Ryding)

对于那些无法获得高效三维扫描仪的研究人员,Ryding和她的团队正在通过比较公式估算值和Space Spider完成的3D尺寸模型,完善现有鸟类喙部尺寸估算公式(几何法)。

具体方法就是找出8个最重要的喙部独立线段值。随后,将这些值和同一样本的3D模型对比,Ryding设计了新的公式,提高了喙部手动测量的精度。

Ryding仍在这一领域深耕,她计划制定更多公式,覆盖更多物种。

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